A Divisão de Agrotecnologia do CPQBA possui duas linhas de pesquisa: fitotecnia e domesticação e melhoramento, ambas focando principalmente plantas medicinais, aromáticas e cosméticas. Na primeira linha de pesquisa, são realizados estudos agrícolas para o desenvolvimento de técnicas de cultivo de plantas exóticas de importância econômica que ainda não são cultivadas no país, ou que já são cultivadas mas poderiam ser melhor exploradas. Na segunda linha de pesquisa, espécies selvagens brasileiras são domesticadas e melhoradas para que o produtor rural possa contar com material genético selecionado (clones, linhas puras e populações) com boas características agrícolas e químicas. São objetivos destas linhas de pesquisas disponibilizar ao agricultor técnicas e material genético selecionado para que espécies medicinais, aromáticas e cosméticas possam se tornar opções agrícolas, oferecendo à indústria de transformação matéria prima de qualidade, em quantidades previsíveis, contribuindo com a cadeia produtiva de forma sustentada. Integrada com estes objetivos, a Divisão de Agrotecnologia do CPQBA gerencia uma coleção viva de plantas medicinais e aromáticas com mais de 500 espécies, que conta com herbário e banco de sementes. A Divisão possui ainda bancos de germoplasma de espécies como Maytenus ilicifolia, Maytenus aquifolia, Varronia verbenacea, Mikania glomerata, Mikania laevigata, Stevia rebaudiana, Pfaffia glomerata, Phyllanthus niruri, Phyllanthus amarus, Baccharis trimera, Achyrocline satureioides, Fridericia chica e Hebanthe eriantha. Para que a missão do CPQBA possa ser alcançada, a Divisão de Agrotecnologia conta com laboratório de cultura de tecidos, viveiros, campo experimental, equipamentos e máquinas agrícolas, sistema de irrigação, destiladores industriais, secadores e, claro, recursos humanos empolgados com o trabalho que realizam.