A UNICAMP foi uma das Universidades pioneiras em possuir um Centro destinado a apoiar e dar suporte à realização de projetos de pesquisa tecnológica, industrial e de prestação de serviços especializados nas áreas de Química, Biologia e Agrícola, procurando atender à demanda do setor produtivo e de órgãos governamentais. O Centro tem um papel de grande importância, sendo considerado uma referência nacional em produtos naturais (plantas e microrganismos), biotecnologia e meio ambiente. Esta pluridisciplinaridade é o ponto estratégico que diferencia o CPQBA de outros Centros de estudos de produtos naturais no país e no mundo.
O CPQBA tem um papel de destaque no setor produtivo pela prestação de serviços de alta qualidade e pela realização de pesquisas em parceria com as indústrias e órgãos públicos. O mercado mundial de cosméticos, produtos fitoterápicos e biotecnológicos exige cada vez mais produtos de qualidade e laboratórios de análises habilitadas, como os do CPQBA. Ao longo do tempo, o CPQBA tem se consolidado como um Centro dinâmico com atuação em diversas áreas de pesquisa, realizadas em sua maioria com o apoio de órgãos de fomento públicos como FAPESP, CNPq e FINEP e de convênios de pesquisa e desenvolvimento com indústrias.
Atualmente, o CPQBA conta com oito Divisões: Agrotecnologia, Bioprocessos, Farmacologia e Toxicologia, Microbiologia, Química Analítica, Química Orgânica e Farmacêutica, Química de Produtos Naturais e Recursos Microbianos. A formação de mestres, doutores e estagiários é também uma tradição do CPQBA, realizada em colaboração com outras unidades da UNICAMP e com escolas técnicas da região.